博物馆采用与相邻街区近似的民居尺度，融入水井坊历史文化街区。新建建筑环绕古作坊布局，以合抱的姿态对文物建筑进行烘托与保护。基地内部有文物建筑——近代酿酒作坊厂房和古代酒窑遗址，其中的古代酒窖仍在使用中。木构架老厂房内部仍以传统酿酒工艺进行生产，而当代酿酒工艺被置于新建混凝土厂房内。新建筑的屋顶形式是老厂房采光口的提炼与组合，以形成与老厂房一致的通风、采光环境，形成适宜窖菌发酵的室内微气候。沿参观流线交替设置的天井院落与展厅，转换室内外空间，营造了气氛张弛有度的参观节奏。新老建筑共同使水井坊遗址博物馆成为集保护、展示、生产、交流于一体的“活着的”文化遗产。建筑外墙采用与传统材料近似的再生砖、复合竹等现代环保材料，构建手法现代而韵味传统的建筑群落。